Cuando se quiere cambiar la zona a un comprobante emitido lo que se debe hacer es lo siguiente:

Consultar el comprobante deseado (Ventas-Ventas-Facturación-<Tipo>-Consultas o en las consultas de deuda o cuenta corriente e ir al botón Ver Comprobante)

Luego allí se presentará la ficha de consulta con la zona asignada, al lado de ella se encontrará un botón para Cambiar Zona, se presiona ese botón y se procede a asignar la nueva zona. Esta operación es uno a uno para cada comprobante que se desee reasignar.