Esto sucede normalmente porque hay algún/os comprobante/s que tienen diferente zona asignada que los otros.

 

El sistema funciona así, al momento de facturar propone que la zona a asignar al comprobante sea la misma que tiene asignada el cliente, dejando al usuario la posibilidad de cambiarla para este único comprobante...

 

También si se cambia de zona pre-asignada al cliente y ya se emitieron comprobantes con los datos anteriores, los "viejos" comprobantes estarán asignados a una zona y los "nuevos" a otra.

 

Estos casos tienen el efecto de incluir en el informe de una zona algunos comprobantes y en el informe de otra zona los otros.