Simplemente no marque ningún comprobante cobrado y sólo ingrese los valores recibidos, esto generará un adelanto en cuenta corriente.

También si del monto pagado sólo una parte va a ir a adelanto y el resto se imputa a facturas, simplemente impute esas facturas y luego deje pendiente el saldo que el sistema se encargará automáticamente de generar el adelanto en cuenta corriente correspondiente.