Tengo que anular un cheque de pago a un proveedor que había emitido y no puedo anularlo porque la caja donde se registró ya está cerrada ¿ Cómo hago para dejar registrado  la anulación y el cambio del Cheque para hacer el pago ?

Esto se puede realizar de dos formas diferentes:
 
1) Anulando la OP y volviendola a hacer con los datos correctos.
Compras y Pagos > Pagos > Anulación > Aparecerá la pantalla..
 
 
2) Registrando la devolución del cheque propio por parte del proveedor, sin gastos (si es que no los tuvo) y luego realizarle una OP nueva que cancela la devolución con el nuevo cheque.
Tesorería > Valores > Caja Abierta > Cheques Propios > Devoluciones> Aparecerá la pantalla..
 
 
*la opción está dentro de Caja Abierta por uso y costumbre, ya que normalmente los cambios de cheques se producen dentro del período de cierre de la tesorería, pero no es excluyente.
En ambos casos le permitirá anular el cheque aunque la caja este cerrada ya que ambos movimientos realizan los contramovimientos de ingreso para compensar la devolución/anulación, salvo que el cheque este conciliado en el banco.